Đăng Ký Hóa Đơn Điện Tử 2026: Doanh Nghiệp Có Thể Bị Từ Chối Nếu Không Xác Thực Sinh Trắc Học

Từ năm 2026, việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử đang được cơ quan thuế kiểm soát chặt chẽ hơn đáng kể so với trước đây. Ngoài các tiêu chí đánh giá người nộp thuế thuộc diện rủi ro cao theo Thông tư 32/2025/TT-BTC, nhiều doanh nghiệp còn phải thực hiện xác thực sinh trắc học của người đại diện theo pháp luật trước khi được chấp thuận sử dụng hóa đơn điện tử.

Trên thực tế, không ít doanh nghiệp mới thành lập hoặc doanh nghiệp có sự thay đổi thông tin đăng ký thuế đã gặp tình trạng hồ sơ bị từ chối, bị yêu cầu giải trình hoặc phải làm việc trực tiếp với cơ quan thuế trước khi được cấp quyền sử dụng hóa đơn điện tử.

Cơ Quan Thuế Có Quyền Từ Chối Hoặc Tạm Ngừng Sử Dụng Hóa Đơn Điện Tử Trong Trường Hợp Nào?

Theo Khoản 3 Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025, dữ liệu hóa đơn điện tử được quản lý tập trung và thống nhất nhằm phục vụ công tác quản lý thuế. Trên cơ sở kết quả phân tích rủi ro, cơ quan thuế có quyền áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp, bao gồm việc ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đối với các trường hợp có rủi ro cao về thuế và hóa đơn.

Quy định này cho thấy việc đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử không còn là thủ tục mang tính hình thức mà đã trở thành một phần của hệ thống quản lý rủi ro thuế trên phạm vi toàn quốc.

Các Dấu Hiệu Khiến Doanh Nghiệp Bị Đánh Giá Là Người Nộp Thuế Rủi Ro Cao

Theo Thông tư 32/2025/TT-BTC, các dấu hiệu xác định người nộp thuế rủi ro cao hiện được chia thành ba nhóm chính.

Điểm Mới Từ Năm 2026: Bắt Buộc Xác Thực Sinh Trắc Học Khi Đăng Ký Hóa Đơn Điện Tử

Một trong những thay đổi quan trọng nhất hiện nay là cơ chế xác thực sinh trắc học đối với người đại diện theo pháp luật khi đăng ký hoặc thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Thực hiện Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ, Cục Thuế đã phối hợp với Cục Cảnh sát quản lý hành chính về trật tự xã hội (C06) triển khai giải pháp xác thực sinh trắc học thông qua ứng dụng eTax Mobile.

Theo Công văn 3078/CT-NVT, việc xác thực được áp dụng đối với doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh khi đăng ký mới hoặc thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử liên quan đến người đại diện theo pháp luật.

Điều Kiện Để Thực Hiện Xác Thực Sinh Trắc Học

Người đại diện theo pháp luật phải có tài khoản định danh điện tử mức độ 2 (VNeID mức 2), đã cài đặt ứng dụng eTax Mobile và thông tin định danh phải khớp với dữ liệu đăng ký thuế của cơ quan thuế.

Quy Trình Xác Thực Sinh Trắc Học Trên eTax Mobile

Sau khi doanh nghiệp gửi Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT lên hệ thống, Cổng thông tin hóa đơn điện tử sẽ tự động gửi yêu cầu xác thực sinh trắc học tới người đại diện theo pháp luật.

Người đại diện thực hiện nhận diện khuôn mặt trên ứng dụng eTax Mobile. Sau khi xác thực thành công, hệ thống mới tiếp tục xử lý hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Hồ Sơ Có Thể Bị Hủy Sau 24 Giờ Nếu Không Xác Thực

Đây là điểm mà nhiều doanh nghiệp đang gặp vướng mắc trong thực tế.

Việc nộp tờ khai thành công không đồng nghĩa với việc hồ sơ đã được cơ quan thuế chấp thuận. Nếu người đại diện theo pháp luật không hoàn tất xác thực sinh trắc học hoặc xác thực không thành công trong vòng 24 giờ kể từ thời điểm hệ thống gửi yêu cầu, tờ khai có thể bị hủy và doanh nghiệp phải thực hiện lại thủ tục từ đầu.

Doanh Nghiệp Có Giám Đốc Nước Ngoài Cần Lưu Ý Điều Gì?

Mặc dù Công văn 3078/CT-NVT quy định người nước ngoài chưa đáp ứng điều kiện định danh điện tử mức độ 2 là trường hợp ngoại lệ đối với cơ chế xác thực sinh trắc học, nhưng trên thực tế nhiều cơ quan thuế vẫn thực hiện quy trình xác minh bổ sung trước khi phê duyệt đăng ký hóa đơn điện tử lần đầu. Đây là nội dung mà các doanh nghiệp FDI cần đặc biệt quan tâm.

Theo hồ sơ thực tế mà Green NRJ tiếp nhận từ cơ quan thuế, doanh nghiệp có người đại diện theo pháp luật là người nước ngoài có thể được yêu cầu cung cấp thêm giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, hộ chiếu của người đại diện theo pháp luật, hợp đồng thuê văn phòng, hình ảnh văn phòng, hợp đồng lao động, hồ sơ tham gia bảo hiểm xã hội của người lao động, hợp đồng với đối tác, hợp đồng đầu ra và các tài liệu chứng minh hoạt động kinh doanh thực tế của doanh nghiệp.

Trong một số trường hợp, cơ quan thuế còn yêu cầu xác minh thực tế địa điểm hoạt động trước khi xem xét chấp thuận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Doanh Nghiệp Nên Chuẩn Bị Gì Để Tránh Bị Từ Chối Đăng Ký Hóa Đơn Điện Tử?

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, đặc biệt là doanh nghiệp FDI có người đại diện theo pháp luật là người nước ngoài, việc chuẩn bị hồ sơ ngay từ đầu đóng vai trò rất quan trọng.

Doanh nghiệp nên chủ động rà soát tính hợp lệ của địa chỉ trụ sở, hợp đồng thuê văn phòng, hồ sơ lao động, thông tin người đại diện theo pháp luật, tài khoản VNeID, ứng dụng eTax Mobile và các tài liệu chứng minh hoạt động kinh doanh thực tế trước khi thực hiện đăng ký hóa đơn điện tử.

Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và chủ động xử lý các yêu cầu từ cơ quan thuế ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp giảm đáng kể nguy cơ bị từ chối đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, tránh ảnh hưởng đến hoạt động xuất hóa đơn, ký kết hợp đồng và triển khai hoạt động kinh doanh sau khi thành lập.

Green NRJ Hỗ Trợ Doanh Nghiệp Đăng Ký Hóa Đơn Điện Tử Và Làm Việc Với Cơ Quan Thuế

Trong trường hợp doanh nghiệp gặp khó khăn khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, bị yêu cầu giải trình hoặc có người đại diện theo pháp luật là người nước ngoài, Green NRJ có thể hỗ trợ rà soát hồ sơ pháp lý, chuẩn bị tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế và đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình làm việc với cơ quan quản lý để hạn chế tối đa các rủi ro phát sinh.