Nghị định 373/2025/NĐ-CP và những điều doanh nghiệp cần lưu ý trong quản lý thuế từ năm 2026

Trong giai đoạn chuyển tiếp giữa năm 2025 và 2026, hệ thống pháp luật thuế chứng kiến nhiều thay đổi quan trọng, đặc biệt ở nhóm văn bản hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế. Một trong những văn bản đáng chú ý nhất là Nghị định 373/2025/NĐ-CP, sửa đổi và bổ sung một số điều của Nghị định 126/2020/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 14 tháng 02 năm 2026.

Đối với doanh nghiệp và bộ phận kế toán, Nghị định 373 không làm phát sinh thêm nghĩa vụ thuế mới, nhưng lại điều chỉnh đáng kể cách thức quản lý, kê khai và xử lý một số tình huống thường gặp trong thực tế. Việc hiểu đúng phạm vi áp dụng và các điểm sửa đổi của nghị định này là yếu tố quan trọng để doanh nghiệp hạn chế rủi ro trong giai đoạn quyết toán và hậu kiểm thuế.

Bối cảnh ban hành và mối liên hệ với Luật Quản lý thuế

Nghị định 373/2025/NĐ-CP là nghị định hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế thông qua việc sửa đổi Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Tuy nhiên, cần phân biệt rõ giữa thời điểm ban hành luật mới và thời điểm luật có hiệu lực.

Luật Quản lý thuế mới số 108/2025/QH15 chỉ chính thức có hiệu lực từ ngày 01 tháng 07 năm 2026. Do đó, tại thời điểm Nghị định 373 bắt đầu có hiệu lực vào ngày 14 tháng 02 năm 2026, khung pháp lý điều chỉnh hoạt động quản lý thuế vẫn là Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Việc nghị định mới được ban hành trong khi luật mới chưa có hiệu lực dễ dẫn đến nhầm lẫn trong quá trình áp dụng. Trên thực tế, Nghị định 373 chủ yếu điều chỉnh các nội dung mang tính kỹ thuật, thủ tục và cách thức xử lý, nhằm hoàn thiện cơ chế quản lý thuế hiện hành trước khi chuyển sang giai đoạn áp dụng luật mới từ giữa năm 2026.

Quyết toán thuế thu nhập cá nhân và trách nhiệm của doanh nghiệp

Một trong những nội dung được doanh nghiệp và bộ phận kế toán quan tâm nhiều nhất trong Nghị định 373 là quy định liên quan đến nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với người lao động có thu nhập từ hai nơi trở lên.

Trước đây, khi người lao động trong năm có sự thay đổi nơi làm việc hoặc đồng thời nhận thu nhập từ nhiều đơn vị, việc xác định cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ quyết toán thường gây lúng túng. Doanh nghiệp mới tiếp nhận lao động thường không nắm được tình trạng quyết toán của người lao động tại đơn vị cũ, trong khi người lao động lại không chắc chắn phải nộp hồ sơ tại đâu.

Theo quy định mới tại Nghị định 373, đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công tại từ hai nơi trở lên trong cùng một năm, hồ sơ quyết toán thuế được nộp tại cơ quan thuế nơi trả thu nhập cao nhất trong năm. Trường hợp có nhiều nơi trả thu nhập cao nhất và các khoản thu nhập bằng nhau, cá nhân được quyền lựa chọn nộp hồ sơ tại một trong các cơ quan thuế tương ứng.

Điểm đáng chú ý là trong trường hợp hồ sơ được nộp không đúng cơ quan thuế, cơ quan tiếp nhận sẽ có trách nhiệm hỗ trợ chuyển hồ sơ về đúng nơi có thẩm quyền. Quy định này góp phần giảm áp lực cho người lao động và gián tiếp giảm rủi ro phát sinh tranh chấp hoặc khiếu nại liên quan đến quyết toán thuế tại doanh nghiệp.

Đối với doanh nghiệp, việc nắm rõ quy định này giúp bộ phận kế toán tư vấn và hướng dẫn người lao động chính xác hơn trong giai đoạn quyết toán, đặc biệt với các trường hợp tuyển dụng nhân sự cấp trung và cấp cao có lịch sử làm việc tại nhiều đơn vị trong cùng năm tài chính.

Khai thuế theo quý không đúng điều kiện và cách xử lý theo quy định mới

Một vấn đề khác thường xuyên phát sinh trong thực tế là việc doanh nghiệp hoặc người nộp thuế đã thực hiện khai thuế theo quý nhưng sau đó phát hiện không đủ điều kiện để áp dụng hình thức khai theo quý.

Theo quy định trước đây tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP, trường hợp khai sai kỳ này có thể dẫn đến việc phải khai lại theo tháng, tính lại nghĩa vụ thuế của các kỳ đã khai và phát sinh tiền chậm nộp, thậm chí là xử phạt vi phạm hành chính. Điều này khiến nhiều doanh nghiệp lo ngại khi rà soát lại hồ sơ khai thuế của mình.

Nghị định 373 đã điều chỉnh theo hướng rõ ràng và linh hoạt hơn. Theo đó, trong trường hợp người nộp thuế đã khai theo quý nhưng không đủ điều kiện, các tờ khai nộp lại theo tháng sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính. Các hồ sơ này được xem là hồ sơ khai thuế thay thế cho các tờ khai quý đã nộp trước đó.

Cách tiếp cận này thể hiện xu hướng quản lý thuế theo hướng khuyến khích tự điều chỉnh và tuân thủ, thay vì xử phạt ngay khi phát sinh sai sót mang tính kỹ thuật. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn cần chủ động rà soát điều kiện áp dụng khai thuế theo quý để hạn chế việc phải điều chỉnh nhiều lần trong năm.

Biểu mẫu hồ sơ khai thuế và nguyên tắc chuyển tiếp

Nghị định 373/2025/NĐ-CP cũng sửa đổi, bổ sung hệ thống biểu mẫu hồ sơ khai thuế ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Tuy nhiên, việc áp dụng các biểu mẫu mới không diễn ra ngay lập tức đối với tất cả các kỳ tính thuế.

Cụ thể, trong kỳ tính thuế năm 2025, doanh nghiệp và người nộp thuế vẫn tiếp tục sử dụng các biểu mẫu theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC để thực hiện việc kê khai và quyết toán. Chỉ sau khi hoàn tất kỳ quyết toán thuế năm 2025, hệ thống biểu mẫu mới theo quy định sửa đổi mới được áp dụng.

Quy định chuyển tiếp này phản ánh nguyên tắc đồng bộ trong công tác quyết toán thuế, nhằm tránh việc thay đổi biểu mẫu giữa chừng gây khó khăn cho doanh nghiệp và cơ quan quản lý thuế trong quá trình đối chiếu và kiểm tra.

Một số lưu ý thực tiễn cho doanh nghiệp và bộ phận kế toán

Từ góc độ quản trị rủi ro thuế, Nghị định 373 không phải là văn bản làm thay đổi nghĩa vụ nộp thuế, nhưng lại tác động trực tiếp đến quy trình và cách thức tuân thủ của doanh nghiệp. Trong giai đoạn từ đầu năm 2026 đến trước khi Luật Quản lý thuế mới có hiệu lực, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý việc áp dụng đúng văn bản, đúng thời điểm hiệu lực và đúng đối tượng.

Việc hiểu nhầm rằng toàn bộ quy định của Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 đã được áp dụng từ đầu năm 2026 có thể dẫn đến sai sót trong kê khai và quản lý hồ sơ thuế. Đồng thời, bộ phận kế toán cần chủ động cập nhật các quy định mới liên quan đến quyết toán thuế thu nhập cá nhân và khai thuế theo kỳ để tư vấn kịp thời cho người lao động và ban lãnh đạo doanh nghiệp.

Kết luận

Nghị định 373/2025/NĐ-CP là một bước điều chỉnh quan trọng trong hệ thống văn bản hướng dẫn Luật Quản lý thuế, đặc biệt trong bối cảnh chuyển tiếp sang khung pháp lý mới từ giữa năm 2026. Đối với doanh nghiệp, việc nắm bắt và áp dụng đúng các nội dung của nghị định này không chỉ giúp giảm rủi ro xử phạt mà còn góp phần ổn định công tác quản lý thuế trong giai đoạn pháp lý nhiều thay đổi.

Trường hợp doanh nghiệp cần rà soát lại quy trình quản lý thuế nội bộ hoặc đánh giá rủi ro tuân thủ dựa trên tình hình thực tế, đội ngũ Green NRJ có thể hỗ trợ trao đổi và phân tích chuyên sâu trên cơ sở quy định pháp luật hiện hành.