Miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp mới thành lập: hiểu đúng để không mất quyền lợi

Sau một thời gian dài chờ đợi, Nghị định số 20/2026/NĐ-CP hướng dẫn thực hiện Nghị quyết 198/2025/QH15 đã chính thức được ban hành, làm rõ các điều kiện và phạm vi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới.

Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp đang hiểu chưa đầy đủ hoặc áp dụng nhầm chính sách này theo hướng “chỉ cần thành lập mới là được miễn 3 năm”, dẫn đến hai rủi ro phổ biến: hoặc bỏ lỡ ưu đãi đáng ra được hưởng do đánh giá sai thời gian ưu đãi còn lại, hoặc áp dụng sai và đối mặt nguy cơ bị truy thu khi cơ quan thuế thanh tra, đặc biệt trong bối cảnh hậu kiểm ngày càng được tăng cường.

Việc áp dụng miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp mới thành lập cần được đánh giá dựa trên thời điểm thành lập, bản chất đăng ký lần đầu và cấu trúc vận hành thực tế của doanh nghiệp.

Bài viết này tập trung vào những vấn đề doanh nghiệp quan tâm nhất: doanh nghiệp thành lập trước thời điểm Nghị quyết có hiệu lực có còn được hưởng ưu đãi hay không, những trường hợp nào bị loại trừ dù “mới trên giấy”, và đâu là các khoản thu nhập không được miễn thuế dù doanh nghiệp đủ điều kiện. 

Miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp mới thành lập trước 17/5/2025: áp dụng thế nào?

Câu trả lời là có, nhưng không phải doanh nghiệp nào cũng được miễn đủ 3 năm. Theo Nghị định hướng dẫn, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong thời hạn 3 năm, tính liên tục kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Đồng thời, trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực mà vẫn còn thời gian áp dụng ưu đãi, doanh nghiệp được tiếp tục hưởng ưu đãi cho phần thời gian còn lại.

Một điểm dễ bị bỏ qua là quy định này áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025, trong khi thuế TNDN được xác định theo năm tài chính. Vì vậy, việc doanh nghiệp có được miễn thuế hay không không chỉ phụ thuộc vào ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, mà phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đang ở năm ưu đãi thứ mấy tính từ năm thành lập.

Cách áp dụng trên thực tế

Nếu doanh nghiệp thành lập trong năm 2025, về nguyên tắc sẽ được miễn thuế trọn vẹn 3 năm liên tiếp, tương ứng các năm 2025, 2026 và 2027. Trường hợp doanh nghiệp thành lập năm 2024, năm 2024 được coi là năm đầu tiên của chu kỳ ưu đãi, nên đến kỳ tính thuế 2025 doanh nghiệp chỉ còn 2 năm miễn thuế là 2025 và 2026. Tương tự, với doanh nghiệp thành lập năm 2023, năm 2025 là năm cuối cùng còn lại trong chu kỳ ưu đãi 3 năm. Điều này đồng nghĩa các doanh nghiệp thành lập trước năm 2023 sẽ không còn thời gian miễn thuế kể từ kỳ tính thuế năm 2025, do đã hết chu kỳ ưu đãi tính theo năm thành lập.

Chính cách tính này khiến nhiều doanh nghiệp hiểu nhầm rằng “thành lập trước thì không được hưởng”, trong khi trên thực tế vẫn có trường hợp được hưởng ưu đãi nhưng chỉ cho phần thời gian còn lại.

Không phải cứ thành lập mới là được miễn thuế

Nghị định số 20/2026/NĐ-CP loại trừ rõ ràng các trường hợp dù có Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới nhưng không được coi là “đăng ký kinh doanh lần đầu” theo nghĩa hưởng ưu đãi thuế. Về bản chất, pháp luật không hướng tới việc cho phép sử dụng ưu đãi thuế như một công cụ kỹ thuật để tái tạo pháp nhân nhằm “làm mới” quyền miễn thuế.

Theo đó, các doanh nghiệp được thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp sẽ không thuộc diện được miễn thuế TNDN theo chính sách này, dù trên hình thức là doanh nghiệp mới. Nói cách khác, tái cấu trúc doanh nghiệp có thể tạo ra pháp nhân mới, nhưng không tạo ra quyền miễn thuế mới.

Doanh nghiệp mới nhưng “người điều hành cũ” – vì sao vẫn không được miễn thuế?

Một điểm quan trọng khác nằm ở yếu tố con người và lịch sử điều hành. Theo Nghị định hướng dẫn, doanh nghiệp thành lập mới sẽ không được miễn thuế nếu người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò tương tự tại doanh nghiệp khác đang hoạt động, hoặc tại doanh nghiệp đã giải thể nhưng chưa đủ 12 tháng tính từ thời điểm giải thể đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.

Về logic chính sách, quy định này nhằm ngăn chặn các tình huống “giải thể – thành lập lại” hoặc “lập doanh nghiệp mới” với cùng người điều hành để tiếp tục hưởng ưu đãi. Do đó, đối với các chủ doanh nghiệp đã và đang điều hành doanh nghiệp khác, hoặc vừa giải thể doanh nghiệp chưa đủ thời gian theo quy định, việc kỳ vọng doanh nghiệp mới sẽ tự động được miễn thuế là điểm cần được rà soát kỹ ngay từ đầu để tránh rủi ro áp dụng sai.

Không phải mọi khoản thu nhập đều được miễn thuế

Ngay cả khi doanh nghiệp đủ điều kiện được miễn thuế TNDN, phạm vi miễn thuế cũng không bao trùm toàn bộ các loại thu nhập. Nghị định dẫn chiếu nhóm thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 là các khoản không áp dụng miễn thuế, bao gồm thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (trừ một số trường hợp đặc thù như nhà ở xã hội theo quy định); thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư và các quyền liên quan đến dự án; thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ngoài Việt Nam; thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí và khoáng sản; cùng một số lĩnh vực đặc thù như kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng hoặc hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ các dự án đặc biệt theo quy định của pháp luật).

Điều doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là: trong thực tế, doanh nghiệp có thể đồng thời phát sinh thu nhập thuộc diện miễn thuế và thu nhập không được miễn. Nếu không tách bạch đúng bản chất nguồn thu, doanh nghiệp rất dễ rơi vào tình trạng “tưởng được miễn toàn bộ” và phát sinh rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

Hiệu lực thi hành: vì sao Nghị định có hiệu lực 2026 nhưng áp dụng cho kỳ thuế 2025?

Theo quy định, Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 15/01/2026. Tuy nhiên, riêng quy định về miễn thuế TNDN được xác định có hiệu lực từ thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực và áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025. Đây là cấu trúc hiệu lực thường gặp trong chính sách thuế, theo đó văn bản hướng dẫn được ban hành sau nhưng ưu đãi được “kéo về” để áp dụng cho kỳ tính thuế đã phát sinh.

Vì vậy, doanh nghiệp không cần chờ đến năm 2026 mới đánh giá quyền ưu đãi, mà cần xác định điều kiện và phạm vi áp dụng ngay trong quá trình quyết toán thuế năm 2025, nhằm tránh tình trạng chậm áp dụng hoặc áp dụng sai.

Kết luận

Miễn thuế TNDN theo Nghị quyết 198/2025/QH15 là một ưu đãi đáng kể dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới, nhưng không áp dụng đại trà và không thể suy luận đơn giản theo tiêu chí “có giấy đăng ký mới là được miễn”.

Trên thực tế, việc được hưởng ưu đãi phụ thuộc vào thời điểm thành lập, bản chất “đăng ký lần đầu”, lịch sử vai trò của người điều hành và cấu trúc thu nhập phát sinh. Trong bối cảnh cơ quan thuế tăng cường hậu kiểm, việc hiểu sai hoặc áp dụng máy móc có thể dẫn đến rủi ro truy thu và xử phạt đáng kể.

Góc nhìn tư vấn từ Green NRJ

Nếu doanh nghiệp đang băn khoăn liệu mình có thực sự đủ điều kiện được miễn thuế TNDN hay không, hoặc đang ở năm miễn thuế thứ mấy và còn được hưởng trong bao lâu, việc rà soát lại theo đúng logic pháp lý mới là cần thiết. 

Green NRJ tập trung hỗ trợ doanh nghiệp đánh giá điều kiện ưu đãi theo từng trường hợp cụ thể, nhận diện rủi ro trước kỳ quyết toán và tư vấn cách cấu trúc hồ sơ, thu nhập và mô hình vận hành theo hướng nhất quán, dễ giải trình khi kiểm tra.